Foi uma queima de arquivo, literalmente. No início de novembro de 1946, a São Paulo Railway Company (SPR), da Inglaterra, estava prestes a assinar o termo de transferência de seu patrimônio para o Governo Federal, pois já estava vencido o prazo de 90 anos da outorga do serviço de trens entre Santos e Jundiaí, de acôrdo com a lei imperial 1.759, de 26 de abril de 1856. O Ministério da Viação, entretanto, nunca colocou as mãos nos documentos sobre a administração da empresa, já que na madrugada de 6 de novembro daquele ano, dois dias antes da passagem do bastão, a Estação da Luz, onde funcionava o quartel-general da SPR, virou uma imensa fogueira.
O incêndio, o primeiro na história do prédio, começou às 2h05 justamente nos escritórios da empresa. Às 2h45, o relógio da estação já virara uma imensa tocha vermelha, ruindo em seguida. O Corpo de Bombeiros foi chamado e isolou a rua José Paulino, no trecho entre a rua Prates e a avenida Tiradentes, mas pouco pôde fazer. As chamas encontraram pela frente material de fácil combustão e se propagaram rapidamente, ferindo cinco bombeiros.
O rescaldo prosseguiu até as 6 horas da manhá e precisou ser retomado horas depois, pois na noite do dia 7 irromperam novos focos de incêndio. Os bombeiros encontraram nas bilheterias grande quantidade de moedas derretidas pelas chamas. O cofre que continha o dinheiro para o pagamento dos empregados também foi achado. Ele se encontrava nos escritórios da SPR, mas o fogo, ao queimar o piso, provocou a queda do cofre no restaurante.
O estrago foi enorme. As chamas haviam devorado também as cabines telefônicas, o depósito de bagagens, parte da seção dos Correios e Telégrafos, o bar e restaurante, o serviço de informações e todos os escritórios administrativos, incluindo a Superintendência onde se encontravam os documentos referentes à ferrovia.

• Só não virou cinzas o arquivo do registro dos empregados, que estava na Contadoria Central, na rua Senador Queirós.
  Por volta das 9 horas, a Polícia Técnica iniciou os trabalhos para descobrir as causas do incêndio, que, tudo levava a crer, fora criminoso. O caso envolvia tantas suspeitas que o ministro da Viação, Clóvis Pestana, determinou que uma comissão de engenheiros de seu ministério viesse a São Paulo com o objetivo específico de colaborar nas investigações.
  Naquela manhã, os trens de carga circularam sem problemas, pois medidas foram tomadas para facilitar o embarque de mercadorias, evitando-se qualquer prejuízo no abastecimento das cidades servidas pela SPR. A população, entretanto, sofreu. Aqueles que precisavam ir a Jundiaí ou aos subúrbios ao Norte da cidade tiveram de rumar para a Barra Funda. Já quem tinha de ir na direção de Santos passou a embarcar no Brás. Só dois dias depois os trens de passageiros voltaram a sair da Estação da Luz.
• Prejuízos - O vice superintendente da SPR, John Hillmann, chegou à estação da Luz pouco depois da Polícia Técnica, por volta das 9h30. Seu veredicto: um curto-circuito tinha causado o incêndio. Já o chefe do Tráfego da Estação da Luz, Nicolau Alayon, foi só preconceito ao culpar a colônia judaica pelo ocorrido. Segundo ele, a SPR fora vítima de um atentado praticado pelo movimento sionista, que lutava pela implantação de um Estado judeu na Palestina, então domada pela Grã-Bretanha. Como suas declarações foram duramente criticadas, Nicolau lançou mão de um velho e surrado artifício: afirmou que havia sido "mal interpretado" pela Imprensa.
  No dia seguinte, 8 de novembro, enquanto o delegado de Incêndios, Rego Freitas, entregava à Superintendência da SPR o cofre contendo Cr$ 8 milhões, que se destinavam ao pagamento dos empregados, uma cerimônia no gabinete do ministro Clóvis Pestana, no Rio, marcava a transferência do patrimônio da empresa inglesa para a União. Depois do acidente, o Ministério da Viação chegou a divulgar uma nota informando que a data da solenidade deveria ser adiada, para dar tempo às investigações da Policia. Misteriosamente, entretanto, o Governo acabou voltando atrás. A SPR ou simplesmente Inglesa, como era conhecida, passou a se chamar Estrada de Ferro Santos a Jundiaí, vinculada à Rede Ferroviária Federal S.A. (RFFSA).
  O prejuízo causado pelo incêndio - estimado na época entre Cr$10 milhões e Cr$40 milhões - foi assumido pelos contribuintes, pois foram dos cofres públicos que saíram os recursos utilizados na reforma da Estação da Luz. O prédio foi reconstruído em 1946, respeitando-se o estilo original. No entanto, algumas alterações foram feitas. Assim, no segundo andar, no salão central, foram colocados grossos pilares de sustentação para mais um andar.
  As investigações deram em nada, embora a Polícia tivesse a convicção de que gente da própria SPR fora a responsável pelo fogo. Qual o objetivo do crime? Esconder os lucros privados e os prejuízos públicos causados por uma empresa que deteve o monopólio do transporte ferroviário ao Porto de Santos do final do século passado atê 1938, quando a Sorocabana, controlada pelo Governo Estadual, implantou um ramal de Mairinque até a Baixada Santista.
  Até então, as demais empresas que exploravam os serviços de transporte sobre trilhos no Interior pagavam pesadas tarifas para que a SPR levasse mercadorias ao litoral e trouxesse produtos estrangeiros desembarcados no Porto de Santos. De quebra, a empresa inglesa ainda retardava ao máximo a entrega de trilhos, locomotivas, vagões, carvão e outros insumos necessários à expansão dos serviços de outras ferrovias. Na verdade, a SPR não passava de um lucrativo "funil ferroviário", que não tinha interesse algum em estender trilhos Interior adentro para promover o desenvolvimento.